Enginar üretimi kış mevsiminde yapıldığından dolayı hastalık ve zararlılar çok önemli sorun oluşturmaz. Yeni kurulan bahçelerde kök çürüklüğü (Rhizoctonia solani) görülebilmektedir. Kök boğazında çürümeler oluşur.

Bunun için temiz fide ve toprak kullanılmalıdır. Nemli ve yağışlı havalarda Botrytis cineara (Gri küf), mildiyö, ılık ve yüksek nemli havalarda ise külleme ortaya çıkabilir. Virüs hastalıklarından sarı mozayık virüsü ve kıvırcık bodurluk virüsü zarar oluşturabilir. Önemli enginar zararlıları ise yaprak bitleri, enginar kelebeği, enginar yaprak galeri kurdu, salyangozdur.