Çilek hastalıkları kök, meyve ve yaprak olmak üzere üç kısımda toplanır. Kök hastalıkları içinde en yaygın olanı Phytophtora fragaria (Kırmızı kök çürüklüğü), Phytophtora cactorum (Kahverengi çürüklük), Rhizoctonia solani (Siyah kök çürüklüğü) dür.

Kök hastalıkları topraktan bulaştığı için toprak fumige yada solarize edilmelidir. Bunun yanında dayanıklı çeşit kullanmak ve kültürel
tedbirlere önem vermek gerekmektedir. Meyve hastalıkları içinde en yaygın olanı Botrytisdir. Bu hastalığa karşı meyve tutumundan sonra birkaç kez sistemik mantari ilaçlar kullanılmalıdır ve sık sık havalandırma yapılmalıdır.

Yaprak hastalıklarından Yaprak Leke Hastalığı en yaygın olanıdır. Bu hastalığa karşı meyve tutumundan sonra birkaç kez sistemik mantari ilaçlar kullanılmalıdır. Örtü altı yetiştiriciliğinde sık sık havalandırma yapılmalıdır. Çilek yetiştiriciliğinde virüslere karşı en etkili yöntem sağlıklı fide ile bahçe tesisidir.

Çileklerde en çok görülen zararlılar kırmızı örümcek ve yaprak bitleridir. Bu zararlılarla mücadelede spesifik akarisitler kullanılmalıdır. Ayrıca dayanıklı çeşit kullanımına özen gösterilmelidir. Çilek yetiştiriciliğinde nematodlar da önemli bir sorundur. Bunlarla mücadelenin en iyi yolu sağlıklı ve temiz fide kullanılması yanında toprağın fumige edilmesidir. Çilek yetiştiriciliğinde özellikle örtü altı yetiştiricilikte kış aylarında meyvelerde tozlanma ve döllenme noksanlığından kaynaklanan şekil
bozukluklarına sıkça rastlanmaktadır. Bu sorun sera içerisine arı kovanı konmak suretiyle çözümlenmelidir.